Halo 2 segunda parte

El Jefe Maestro (con Cortana en su armadura) y el Inquisidor despiertan (ambos víctimas de las acciones de los Profetas) prisioneros de una entidad inteligente Flood llamada "La Gravemind" quienes hablándoles (mediante las opiniones del monitor de Delta Halo "2401 Penitent Tangent" y el reanimado cadáver del Profeta del Pesar a quienes ambos habían capturado) les dice que deben detener a los Profetas y a los brutes de activar Halo y los teletransporta a distintas partes. Al Jefe lo envía a Gran Caridad a detener a los Profetas, que pensaban huir de esta y se encuentra en medio de una guerra civil entre las especies del Covenant, élites , grunts y hunters contra los brutes, jackals y drones. Eventualmente Cortana es insertada en las redes de Gran Caridad y la In Amber Clad tomada por los Flood se estrella en la ciudadela lo que termina con estos tomándola, con la muerte del Profeta Piedad, y con Verdad quedando como el único Profeta vivo huyendo hacia la misteriosa nave Forerunner en el centro de la ciudad. El Jefe Maestro se infiltra en esta a medida que despega y deja a Cortana detrás.

El juego concluye con las misiones del Inquisidor que con la ayuda del comandante de fuerzas especiales Rtas Vadumee y sus élites (y formando una inesperada alianza con los humanos), mata a Tartarus (quien tenia prisioneros al sargento Johnson, a Miranda Keyes y a 343 Guilty Spark) antes de que pudiese activar Delta Halo con el índice. Sin embargo antes el pudo poner este y los demás anillos esparcidos por las galaxias en un estado de activación remota. 343 les dice que todos los anillos restantes pueden ser disparados desde el "Arca". En la Tierra, la nave Forerunner ha llegado con un enorme ejército del Covenant y el Jefe esta de polizón en esta con la intención de "terminar esta lucha" como le dice a Lord Hood y a las demás fuerzas militares del UNSC.

Después de los créditos se muestra a Gravemind, que también ha llegado a Gran Caridad y tiene muchas preguntas sobre su origen y el de los anillos, por lo que cuestiona a Cortana que solo le responde "Bien, dispara", dejando una mirada previa a Halo 3.